حددت المادة (4) من القانون رقم (2) لسنة 2016 بإنشاء الهيئة ، هذه الاهداف فيما يلى:
1- ارساء مبدأ الشفافية والنزاهة في المعاملات الاقتصادية والإدارية بما يكفل تحقيق الإدارة الرشيدة لأموال وموارد وممتلكات الدولة والاستخدام الأمثل لها .
2- تطبيق اتفاقية الأمم المتحدة لمكافحة الفساد الموافق عليها بالقانون رقم (47) لسنة 2006 والاتفاقيات والمعاهدات الدولية الخاصة بمكافحة الفساد والتي يتم الموافقة عليها.
3- العمل على مكافحة الفساد ودرء مخاطره وآثاره وملاحقة مرتكبيه وحجز واسترداد الأموال والعائدات الناتجة عن ممارسته وفقا للقانون .
4- حماية أجهزة الدولة من ال رشوة والمتاجرة بالنفوذ وسوء استخدام السلطة لتحقيق منافع خاصة ومنع الوساطة والمحسوبية.
5- حماية المبلّغين عن الفساد .
6- تعزيز مبدأ التعاون والمشاركة مع الدول والمنظمات الإقليمية والدولية في مجالات مكافحة الفساد.
7- تشجيع وتفعيل دور مؤسسات ومنظمات المجتمع المدني في مكافحة الفساد وتوعية أفراد المجتمع بمخاطره وتوسيع نطاق المعرفة بوسائل وأساليب الوقاية منه .